近日,Nature Medicine 两篇相隔数月的文章频繁被媒体引用,一时之间,ctDNA液体活检仿佛陷入一场前有猛禽,后有追兵的境地,之前遥遥领先的行业地位似乎岌岌可危。但仔细阅读文章的同学一定会发现,我们被“标题党”带节奏了,ctDNA液体活检不是关上的门也不是打开的窗,它依然是前景光明,可让肿瘤精准检测更进一步的临床检测技术。
克隆性造血与ctDNA检测
克隆性造血(CH)的研究是MSKCC和GRAIL研究团队,对124例晚期未经治疗或者进行性转移的乳腺癌、非小细胞肺癌、前列腺癌患者的cfDNA和白细胞DNA,以及47名无癌志愿者的cfDNA和白细胞DNA,进行了508基因Panel 60000×超高深度的测序,发现ctDNA中大概有53.2%的突变来自克隆性造血,并强调匹配cfDNA-白细胞测序对准确解读检测结果的重要性。
数据一经公布,引起大家对ctDNA检测准确性的担忧。但事实上,克隆性造血早已不是新闻,早在2017年,MSKCC和GRAIL研究团队就已报道过。不可否认,CH中的突变确实会对ctDNA产生一定的影响,主要集中在TMB的计算和早期肿瘤检测过程中,基因检测行业和许多临床专家早已知晓CH的干扰性,并采取了相应的措施。为了降低焦虑,我们简单为大家汇报一下不朽情缘MG官网的举措。
1. 克隆性造血包含的基因很少影响靶向用药
克隆性造血突变丰度非常低,90%的克隆性造血丰度<1%,并且其包含的基因很少会影响靶向用药相关的基因。
左图是文献中发现的克隆性造血突变基因,右图是不朽情缘MG官网检出的克隆性造血突变基因检出次数及比例。不难发现,两者发现的基因基本吻合。这些基因也多次在临床中被证实不影响靶向用药,临床专家完全不用担心用错药物的问题,这个几率非常低。
2. 不朽情缘MG官网一直践行白细胞对照的质控流程
MSKCC和GRAIL研究团队强调的白细胞对照的过滤方法,不朽情缘MG官网从开展液体活检至今每一个外周血样本都用白细胞深度测序进行对照。首先,我们通过已发表的文献,建立了CH突变黑名单,并在我们的质控流程中,设定过滤CH的环节,我们根据肿瘤白细胞配对样本,以及正常人样本中查到的突变进行分级,形成了Dx-Panel(具有诊断价值的突变),可有效识别CH,这对于早期肿瘤基因检测的价值和意义更加重大。确保检测结果的准确性,是不朽情缘MG官网临床检验最基本的标准,在样本检验和数据解读过程中,我们始终通过多重过滤原则保证检测结果的准确性。
第一重:始终践行双样本策略
熟悉不朽情缘MG官网的临床专家都知道,我们自检验的第一份样本开始,就一直践行双样本策略。每个患者的样本均是通过对白细胞对照同时测序,对结果进行深度比对做出的精准解读。
第二重:中国肿瘤患者cfDNA基线数据库
截止目前,不朽情缘MG官网已累计数万例肿瘤患者cfDNA基线数据,覆盖肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌、脑胶质瘤、淋巴瘤等主要癌种,该数据库在过滤掉背景突变方面起着重要作用。
第三重:中国健康人群cfDNA基线数据库
不朽情缘MG官网目前已累积了大量的健康人cfDNA基线数据,通过该数据库,可以过滤掉非肿瘤来源的突变,让肿瘤相关的突变检测更准确。不朽情缘MG官网临床检验实验室设置多重质控,建立从样本管理、样本制备、上机测序到信息分析、数据解读、报告发放的全流程信息化管理体系,能实时更新临床解读数据库,准确注释肿瘤相关基因的诊断、预测及预后价值,实现数据分析与解读全自动化。数据在经过自动化分析和解读后,经过人工复核,最终出具一份检测报告。
CTC与ctDNA检测
关于CTC的研究是英国肺癌研究联盟(TRAcking non-small cell lung Cancer Evolution through therapy [Rx])10月在Nature Medicine发表的研究成果,研究通过高通量测序对100位早期非小细胞肺癌患者的肿瘤组织(原发灶多个部位、转移灶)和液体活检标本(CTC和cfDNA)进行基因分析,发现早期肺癌患者手术时的肺静脉CTC(PV-CTC)能有效预测手术后的生存和复发情况。CTC高通量测序与ctDNA检测,二者均是液体活检技术下的细分, CTC是肿瘤原发灶或转移灶脱落进入到外周血中的恶性肿瘤细胞,而ctDNA肿瘤原发灶、转移灶、甚至是CTC分泌、破裂释放进入外周血的DNA片段。
Nature Medicine 关于CTC研究文章中,研究者们开宗明义地指出早期肺癌患者外周血中CTC含量极少,因而采用了肺静脉血,而不是外周血进行本研究。在肺癌手术中取肺静脉血在实际应用中的困难不言而喻。某些“吸睛”文章将术中取样于肺静脉血CTC断章取义成CTC,并且将其和ctDNA进行比较,可谓“用心良苦”。只是没注意到原文中连作者自己都谦虚地总结:肺静脉CTC预测肺癌复发的敏感性有限(敏感性31.7%,特异性84.9%),还需要独立的大规模数据验证临床有效性。
ctDNA则经过了非常多的临床验证,上述克隆性造血的研究也表明液体活检能够克服组织取样的异质性局限,更能反映肿瘤突变全景信息。我们看到,在科研人员和临床专家的共同努力下,ctDNA在不断的完善。如果CTC也能克服检测技术的瓶颈,那它将与ctDNA形成互补的关系,共同促进肿瘤基因检测更加精准。无论如何,液体活检技术与我们的预期越来越近,不朽情缘MG官网也将持续在此领域深耕,为肿瘤精准医疗贡献力量。